شناسايي چندشكلي ژن PPP2CA مرتبط با ذخيره چربي در گوسفندان نژاد رومانوف , قزل و ماکويي
Keywords:
پلی مورفیسم, ژن PPP2CA , PCR-SSCP, چربی دنبه , رومانوف, قزل, ماکوییAbstract
در مطالعه حاضر که برای شناسایی چندشکلی در نواحی اگزون 1 ژن PPP2CA در جمعیت گوسفندان نژاد ماکویی، قزل و رومانوف انجام گرفت از تعداد 50 رأس گوسفندنژاد ماکویی، 50 رأس گوسفندان نژاد قزل و 50 رأس گوسفندان نژاد رومانوف خونگیری از ورید وداجی انجام شد. استخراج DNA به روش بهینه یافته نمکی صورت گرفته و کیفیت آن برروی ژل آگارز یک درصد و کمیّت آن توسط دستگاه نانودرآپ مورد ارزیابی قرار گرفت. واکنش زنجیره‌ای پلیمراز برای تکثیر قطعه 243جفت بازی ژن PP2CA انجام گرفت. و کیفیّت و درستی تکثیر ناحیه مورد نظر برروی ژل آگارز یک و نیم درصد به همراه نشانگرمولکولی (لدر) مشاهده شد. سپس جهت شناسایی پلی‌مورفیسم (چندشکلی) در نمونه‌ها روش SSCP (تفاوت در فرم فضایی رشته های منفرد) به کار گرفته شد. الکتروفورز عمودی نمونه‌ها بر روی ژل آکریل آمید 12 درصد به مدّت 8 ساعت با ولتاژ 300 ولت در دمای 4 درجه سانتی‌گراد انجام گرفت. جهت رنگ آمیزی ژل آکریل آمید از نیترات نقره استفاده شد. بررسی الگوهای ژنی مشاهده شده بر روی آکریل آمید نشان داد که الگوهای ایجاد شده برای هر سه نژاد ماکویی ، قزل و رومانوف تک شکل بوده و چندشکلی را نشان نداد. عدم مشاهده چند شکلی را می‌توان به نامناسب بودن ژن یا جایگاه تکثیر شده برای مطالعه پلی مورفیسم ارتباط داد.
Downloads
References
1. بیابانی و همکاران(1391).بررسی تنوع آللی ژن PPP2CA در گوسفند نژاد ماکویی. پنجمین کنگره علوم دامی – شهریور (1391).
2. بزازپریخانی، صادقی، مرادی شهربابک. (2018). ارتباط چندشکلی های اگزون 2 ژن فاکتور رونویسی 7 با صفات چربی خون و دنبه در گوسفندان لری بختیاری و زل. پژوهشهای تولیدات دامی, 8(17), 88-92.
3. زارع, صادقی, مرادی شهر بابک and محمد, 2017. شناسایی چندشکلی‌های تک‌نوکلئوتیدی ژن PPP2CA و اثر آن بر صفات لاشه، رشد و ذخیره چربی در گوسفندان لری‌بختیاری و زل. تحقیقات تولیدات دامی, 5(4), pp.70-78.
4. زمانی افشار, هرکی نژاد, طاهر, بهاری and شهیر, 2018. بررسی چندشکلی ژن‌های Wnt10a و Wnt10b در گوسفند آمیخته افشاری برولامرینو. تولیدات دامی, 20(2), pp.213-224.
5. Cheng, S., Fockler, C., Barnes, W.M. and Higuchi, R., 1994. Effective amplification of long targets from cloned inserts and human genomic DNA. Proceedings of the National Academy of Sciences, 91(12), pp.5695-5699.
6. Kadarmideen HN, von Rohr P, Janss LL. From genetical genomics to systems genetics: potential applications in quantitative genomics and animal breeding. Mammalian Genome. 2006 Jun;17:548-64.
7. Moradi, M.H., Nejati-Javaremi, A., Moradi-Shahrbabak, M., Dodds, K.G., Brauning, R. and McEwan, J.C., 2021. Fine mapping of candidate regions associated with fat deposition in thin and fat tail sheep breeds suggests new insights into molecular aspects of fat tail selection.
8. Negahdary, M., Majdi, S., Biabani, P. and Hajihosseinlo, A., 2014. Relationship of TNF‐α Gene Polymorphism with fat‐tail measurements (fat‐tail dimensions) and wool weights in fat‐tail Makooei breed of Iranian sheep. Journal of Biology and Today's World, 3(4), pp.77-82.
9. Orita, M., Iwahana, H., Kanazawa, H., Hayashi, K. and Sekiya, T., 1989. Detection of polymorphisms of human DNA by gel electrophoresis as single-strand conformation polymorphisms. Proceedings of the National Academy of Sciences, 86(8), pp.2766-2770.
10. Peterson RE, Edwards AC, Bacanu SA, Dick DM, Kendler KS, Webb BT. The utility of empirically assigning ancestry groups in cross‐population genetic studies of addiction. The American journal on addictions. 2017 Aug;26(5):494-501.
11. Tellam, R.L., Cockett, N.E., Vuocolo, T. & Bidwell, C.A. (2012) Genes contributing to genetic variation of muscling in sheep. Frontiers in Genetics, 3, 1–14
12. Williams, T.L., Monday, S.R., Feng, P.C. and Musser, S.M., 2005. Identifying new PCR targets for pathogenic bacteria using top-down LC/MS protein discovery. Journal of Biomolecular Techniques: JBT, 16(2), p.134.
13. Zhao, F., Deng, T., Shi, L., Wang, W., Zhang, Q., Du, L. and Wang, L., 2020. Genomic scan for selection signature reveals fat deposition in Chinese indigenous sheep with extreme tail types. Animals, 10(5), p.773.
