درمطالعات داکینگ مولکولیPyRxو AutoDockکاربرد نرم‌افزارهای

Abstract

      داکینگ مولکولی به عنوان یکی از روش‌های مهم در طراحی داروی مبتنی بر ساختار، امکان پیش‌بینی تعامل بین لیگاندها و پروتئین‌ها را فراهم می‌کند و به توسعه ترکیبات دارویی جدید کمک می‌کند. نرم‌افزار AutoDock، مجموعه‌ای از برنامه‌های متن‌باز خط فرمان، قابلیت پیش‌بینی اتصال لیگاندهای انعطاف‌پذیر به پروتئین‌ها و DNA را با استفاده از الگوریتم‌های ژنتیکی و ارزیابی انرژی فراهم می‌کند و در تحقیقات داکینگ مولکولی کاربرد گسترده‌ای دارد. در مقابل، PyRx یک نرم‌افزار با رابط گرافیکی آسان است که امکان غربالگری مجازی ترکیبات کوچک بر روی اهداف ماکرومولکولی را فراهم می‌کند و کاربران را در تمام مراحل از آماده‌سازی داده‌ها تا تحلیل نتایج همراهی می‌کند. این نرم‌افزار دارای امکاناتی مانند موتور تجسم قوی و مدیریت داده‌های شیمیایی است که طراحی داروی رایانه‌ای را تسهیل می‌کند. مقایسه دو نرم‌افزار نشان می‌دهد که AutoDock مناسب کاربران با تجربه و نیاز به تنظیمات دقیق است، در حالی که PyRx برای کاربرد آسان و تحلیل سریع‌تر مناسب‌تر است. داکینگ مولکولی با استفاده از این ابزارها، پایه‌ای برای طراحی منطقی دارو و شناسایی لیگاندهای با اتصال قوی فراهم می‌کند .